Zwar kann Hunderdorf auf eine mehr als 900jährige Geschichte zurückblicken, Ereignisse, die über das übliche Geschehen hinausgehen, sind nur wenige zu vermerken. Bis zum Ende des letzten Krieges verharrte der Ort in einem gewissen „Dornröschenschlaf“, aus dem es erst seit 1950 erwacht ist. Hier stand nie ein Schloss, wie das bei Au vorm Wald und Steinburg der Fall ist, auch stand Hunderdorf viele Jahrhunderte im Schatten des Klosters Windberg. Hätte nicht der weithin bekannte „Mühlhiasl“ in Hunderdorf das Licht der Welt erblickt, wäre der Ort noch weniger bekannt gewesen, als er schon war.
Das Wappen der Gemeinde beinhaltet den Windberger Windhund, den Pfeil und das Stufenkreuz der Herren von Steinburg.
Schon der Name Hunderdorf gibt uns Rätsel auf. Er hat mit dem Hund im Wappen überhaupt nichts zu tun. Pater Fink von Metten glaubt, dass der Name von Hinderendorf kommt, was soviel wie der „Ort hinter den Hügeln bedeutet“. Die Verfasserin des ersten Hunderdorfer Heimatbuches, Bonaventura Härtenberger, leitet den Namen von Hunderendorf ab, ein Ort mit hundert Anwesen oder hundert Wohnplätzen. Eine weitere Version ist, die Grafen von Windberg-Bogen hätten hier einen größeren Hundezwinger besessen. Der Name könnte auch von Hunthari abgeleitet sein, der auf den Sitz eines Unterbeamten oder Sitz einer Hundertschaft hinweist. Weitere Namenserklärungen beziehen sich auf „hunt“, was soviel wie Siedlung am bzw. überm Moos bedeutet sowie auf „hundari“, ein mit Gewalt besetztes Gebiet. Es sind also noch weitere Nachforschungen notwendig, bis der Name Hunderdorf eindeutig geklärt ist.
Schriftliche Zeugnisse über Hunderdorf sind ab 1065 bekannt. In einer Schenkungsurkunde des Friedrich von Winneberg und Aschwin zu Zeitldorn wird zum ersten Male der Name Hunderdorf erwähnt.
Nach der Gründung des Klosters Windberg unterstand auch das Gebiet von Hunderdorf den auf „Winneberg“ herrschenden Mönchen. Ministerialen der Grafen von Bogen residierten im Tal des Bogenbaches. Zwischen 1114 und 1134 wurden ein Quadalrich de Hunderdorf, ein Heinrich Albert de Hunderdorf und ein Marquardus de Präpositus de Hunderdorf genannt.
Man kann also als sicher annehmen, dass sich das Vorhandensein der Klöster Windberg und Oberalteich, beides sind Gründungen der Grafen von Bogen, nachteilig auf die Entwicklung des Ortes Hunderdorf aufgewirkt haben.
1184 wurden drei Höfe in Hunderdorf dem Kloster Oberalteich übertragen. 1245 schenkte Mathilde von Gmunden einen Hof dem Kloster Windberg. 1274 bestätigte Papst Gregor X. fünf Höfe in Hunderdorf dem Kloster Oberalteich.
1295 erhält das Kloster Windberg von Bischof Konrad von Toteneck das Zehentrecht in Hunderdorf. Durch diese Schenkungen kam ein Großteil des Gebietes von Hunderdorf unter die Grundherrschaft der Klöster Windberg und Oberalteich. Erst 1497 finden sich die ältesten vorhandenen Akten von Hunderdorf in Form von Kaufbriefen, die im Staatsarchiv in Landshut aufbewahrt werden.
1359 erfolgte der erste nachweisbare Kirchenbau. Die Bedeutung der Pfarrei war größer als die des Ortes. Während des 30jährigen Krieges fielen die Schweden 1633 in unser Gebiet ein.
1808 führte Montgelas die Gebietsreform durch und die Streusiedlungen „bogenaue“ faßte man zur Gemeinde zusammen. Der erste Gemeindevorsteher war Josef Lerbl.
Der Ort Hunderdorf hat in den letzten Jahrzehnten nach dem zweiten Weltkrieg einen großen wirtschaftlichen und politischen Aufschwung erlebt. Die wohl bedeutendste Aufwärtsentwicklung erfuhr der Ort 1951 durch die Ansiedlung der Möbelfabrik „Nolte“. Rund 600 Arbeiter aus nah und fern fanden fast vier Jahrzehnte dort einen festen Arbeitsplatz. Durch die Niederlassung von zwei Ärzten, eines Zahnarztes, durch die Errichtung der St. Nikolausapotheke und durch den Bau des Sportzentrums hat die Gemeinde bewiesen, dass sie eine aufstrebende Institution ist. Hunderdorf ist ab 1. Mai 1978 Mittelpunkt einer Verwaltungsgemeinschaft und seit 1972 im Zuge der Schulreform einer Verbandsschule (Grund- u. Hauptschule mit Turnhalle und Lehrschwimmbecken) geworden, zu denen auch die Gemeinden Neukirchen und Windberg gehören. Im Zuge der Gebietsreform wurden 1978 die Gemeinden Steinburg und Gaishausen in die Gemeinde Hunderdorf eingegliedert. Die Aufwertung zum Kleinzentrum war die Folge dieser Aufwärtsentwicklung. Mit dem Bau der Autobahn A 3 mit Tank- u. Rastanlage „Bayerwald“ (Eröffnung 1984) hat Hunderdorf noch an Bedeutung gewonnen.
Bürgermeister der Gemeinde Hunderdorf seit 1949
Reiner Karl 1949 – 1966
Härtenberger Karl 1966 – 1984
Weinzierl Egon 1984 – 1992
Peschke Gerd 1992 – 2008
Hornberger Hans 2008 - 2020
Höcherl Max seit 2020
